Im Winter des Jahres 1944 versuchen die Nazis der drohenden Kriegsniederlage zu entgehen, indem sie, mit Hilfe eines Magiers, ein Bündnis mit den Mächten der Finsternis schließen. Doch die grausamen Pläne scheitern und der Abgesandte der Hölle landet bei den Alliierten.

Als Ermittler bei B.U.A.P. (Behörde zur Untersuchung und Abwehr paranormaler Erscheinungen), trifft Hellboy ein halbes Jahrhundert später auf den Mann, der ihn einst heraufbeschwor und ihn nun endgültig für seine apokalyptischen Pläne einsetzen will...