Juan Borgia war der Lieblingssohn Papst Alexanders VI., und Bruder von Cesare, Lucrezia und Jofré. Der als arrogant und verzogen beschriebene junge Mann wurde 1493 von seinem Vater im Rahmen einer politischen Allianz nach Spanien geschickt, um Maria Enríquez i de Luna zu heiraten und das Herzogtum Gandia in Besitz zu nehmen, das er 1488 von seinem Halbbruder Pedro-Luiz Borgia geerbt hatte. Am spanischen Hof erregte das ungehörige Benehmen Juan Borgias allerdings Missfallen, und 1496 wurde er nach Rom zurückgerufen.

Alexander VI., der sich als erster Papst offen zu seinen Kindern bekannte, ihn in unverhohlenem Nepotismus mit einer großen Anzahl von Ämtern und Würden. Trotz militärischer Misserfolge ernannte er Juan unter anderem zum Oberbefehlshaber der päpstlichen Armee und erschuf für ihn das Herzogtum Benevent, was auf vielen Seiten Hass und Anfeindungen gegenüber den Borgias auslöste, die ohnehin schon als spanische Emporkömmlinge verhasst waren.

In der Nacht vom 14. zum 15. Juni 1497 wurde Juan Borgia schließlich in Rom von Unbekannten ermordet. Seine Leiche fand man erst Tage später mit Stichwunden übersät im Tiber. Außer sich vor Schmerz ließ Alexander VI. Ermittlungen anstellen, um die Mörder zu finden; das Verbrechen konnte jedoch nie aufgeklärt werden. Des Mordes verdächtigt wurden nicht nur die mit den Borgia verfeindete Familie Orsini und Juans Schwager Giovanni Sforza, sondern auch Juans eigene Brüder Cesare und Jofré.