Das vorliegende Buch liegt genau an der Nahtstelle zwischen Gestern und dem Morgen, und daraus resultieren die Besonderheiten der damit verbundenen künstlerischen Absicht, seiner Thematik, seiner Fabel und seiner Gestaltung. In Kenntnis dieser späteren Antworten würde man erwarten, dass Zola auch schon im "Doktor Pascal" in die Frage nach dem Sinn des Lebens die Frage nach der für die Erfüllung dieses Sinns besten menschlichen Gemeinschaft einbeziehen würde. Schließlich hatte er bei der Vorbereitung seiner letzten Romane der "Rougon-Macquart" immer wieder betont, dass er bei jeder neuen Frage, der er sich zuwende, "an den Sozialismus stoße".

Die Frage nach dem Sinn des Lebens ist das Zentralthema, das im "Doktor Pascal" durchleuchtet wird aus der persönlichen und zwischenmenschlichen Sicht. Zugleich ist mit diesem Zentralthema ein zweites verbunden, die Frage nach dem Sinn der Wissenschaft. Der Mediziner Dr. Pascal lebt und praktiziert seit 30 Jahren in der fiktiven Stadt Plassans. Sein Leben lang hat er Material über die Mitglieder seiner Familie gesammelt, um beispielhaft die Gesetze der genetischen Vererbung zu untersuchen, einschließlich vererbter Eigenschaften und Krankheiten.

Dr. Pascal hat ein Serum entwickelt, das nervliche Erkrankungen und Tuberkulose heilen kann. Er beginnt mit seiner schöne Nichte Clotilde ein Liebenverhältnis. Dieses uneheliche Verhältnis stößt auf die Ablehnung von Pascals Mutter Félicité. Diese wünscht zudem, die Familienakte zu vernichten, um die Familienehre rein zu halten.