Ein Jahr nach Nyas Verwandlung kommen die Ninja wieder zusammen, um den Schmuggel von Tiefenstein zu untersuchen. Dabei müssen die Fünf auf die Hilfe von Aspheera setzen, die wegen ihnen im Kryptonischen Gefängnis sitzt. Zudem treffen sie auf die mysteriösen neuen Ninja, die ihnen zunehmend den Schneid abzuverkaufen drohen. Nya versucht derweil, ihre alte Gestalt einzunehmen um zu ihren Freunden zurück zu kehren. Wird ihr das gelingen? Und können unsere Helden ihre übermächtig erscheinende Aufgabe meistern?