Kurz vor der großen Prisma-Schlacht treten der mysteriöse Shadow und Sonic in einem epischen Kampf gegeneinander an. Im heutigen New Yoke City entdeckt das Chaos-Kommitee Sonics mysteriöse Verbindung zu ihrer begehrten Energiequelle und plant, sie mit allen Mitteln zu extrahieren und für ihre finsteren Absichten zu nutzen. Wird es Sonic und seinen Freund*innen gelingen, dies zu verhindern?

Die Rebellen kämpfen gegen den Chaosrat, um sich den "Kristall" zu sichern, der dem Rat die höchste Macht verleiht. Sonic nimmt an, dass es sich bei diesem Kristall um das Paradox-Prisma handelt und ist fassungslos über die Wahrheit über den Machtkristall... und die Ereignisse, die die Welt erschütterten.