Operation: Hieroglyphen-Entzifferung

Nachdem Carmen auch auf den letzten Hinweis in Indien gestoßen ist, finden Bellum und Cleo heraus, dass Julia ihr bei den Missionen geholfen hat. Zusammen mit Tigress sowie Boris und Vlad entführt Cleo sie und bringt sie nach Ägypten, wo sie eine Schatzkammer in der Cheops-Pyramide finden soll. Nachdem Carmens Team den Schatz an sich genommen hat, benachrichtigt Chase Chief, damit der Schatz wieder in die Pyramide gebracht werden kann. Cleo kann sich einer Festnahme entziehen und schwört gegenüber ihren V.I.L.E.-Kollegen wutentbrannt auf Rache.

Operation: Wiener Walzer

Drei Wochen nach Carmens Entführung ist der neue Aufenthaltsort von V.I.L.E., die Schottland verlassen haben, immer noch unbekannt. Julia wird erneut Mitglied bei A.C.M.E. und soll im Auftrag von Chief Carmens Mutter suchen, während Player einen Hinweis auf eine neue V.I.L.E.-Mission ausfindig macht. Shadowsan fliegt deswegen zusammen mit Ivy und Zack nach Wien, da sie hoffen, während der Mission Carmen retten zu können.

Operation: Köder

Während Carmen V.I.L.E. als ihre neue Familie bezeichnet, finden Chief und Julia ihre Mutter. Sie führt ein Waisenhaus, das sie ursprünglich in der Hoffnung eröffnete, ihre Tochter wieder zu sehen. Graham hat unterdessen einen Sinneswandel und wendet sich an A.C.M.E., damit sie die Gehirnwäsche rückgängig machen. Zusammen bringen sie V.I.L.E. dazu, Carmen den marokkanischen Diamanten holen zu lassen, den sie V.I.L.E. bei ihrer ersten Mission in Poitiers entwendete. Während Carmens Kampf mit Chase, Julia, Graham und Shadowsan wird Carmen von einem A.C.M.E.-Gerät getroffen, das ihre Erinnerungen wiederherstellt.